入侵现实篇
长毛象兽，光丘激战！
众人回到队伍，乘车返回。光子郎分析说所有被选中的小朋友都曾经住在光之丘并且现在都搬走，而且都见过数码兽。于是大家决定去光之丘调查。在调查毫无结果的情况下，一只长毛象兽出现并突然袭击众人。( 玩家将与之对战) 当大家用尽全力打倒他后，却发现电视大肆宣传说好象四年前的恐怖炸弹事件（即七人第一次目睹数码兽的事件），而且这次所有人都能看见数码兽。
注1：两条楼梯下方都有道具可获得
数码兽游东京！
众人最后决定回御台场。数码兽在地铁那里闹了很多笑话。最后大家被迫拦车请求搭顺风车。突然墨鱼兽出现攻击他们。( 玩家将与之对战）海狮兽在打败他后，直接从河路将所有小朋友送回御台场。
注1：玩家在此时向反方向走可获得道具
烂泥兽偷袭东京湾！
太一认为嘉儿是第八个被选中的小朋友。但她的数码器被她家的猫叼走所以太一无从知晓。同时，吸血魔兽复制了大量的纹卡用来寻找第八个被选中的小朋友。小恶魔兽和光子郎同时发现有数码器在附近，便进行追踪。其实是乌鸦叼走了数码器。烂泥兽出现攻击人们。( 玩家将与之对战）比多兽经过战斗收拾了他。可光子郎还是一无所获。
火烧东京铁塔，死神火焰兽！
小朋友们商量，决定到处寻找第八个被选中的小朋友。美美和素娜在东京铁塔遇到强劲的死神火焰兽。它的重金属火焰十分强大。太一和光子郎发现情况并赶到。( 玩家将与之对战）经过艰苦的战斗巧妙地打败了他。同时，迪路兽发现了嘉儿，对她产生了怀疑。但它正想杀死嘉儿时却对她产生了亲切感，最终离开了。
南瓜兽与矿石兽，涩谷系数码兽
阿和及阿武坐地铁回家，阿武和巴达兽吵嘴，巴达兽堵气离开了。阿和、阿武和加布兽寻找它，遇到了吸血魔兽两个贪玩的手下南瓜兽和矿石兽。( 玩家将与之对战）这两个手下只想玩，而且和他们一起玩。虽然他们调皮捣蛋，但非常善良。可是，最终被吸血魔兽发现，并杀死了。阿和异常愤怒，与此同时，巴达兽进化成天使兽，吸血魔兽见情况不妙于是就逃跑了，随后阿和与阿武怀着对南瓜兽和矿石兽的怀念离开了。
注1：南瓜兽的**南瓜伤害较大，玩家可在对战前，给加布兽多装些防御芯片。
命运的锁链，迪路兽！
迪路兽始终怀疑嘉儿。她的朋友巫师兽发现了数码器，把它交给迪路兽使她想起了往事。迪路兽去找嘉儿，为嘉儿挡了亚古兽不小心瞄错的攻击。巫师兽告诉太一迪路兽和嘉儿是第八对拍档，而且他和迪路兽要去拿纹卡。当两兽拿到时，被吸血魔兽发现了。吸血魔兽知道了迪路兽的身份，便将巫师兽打进河里，抓走了迪路兽。（此处为自动对战）
御台场精灵，花仙兽！
吸血魔兽用结界包围了整个御台场，然后叫死神兽去抓所有的小朋友，太一与嘉儿还有阿和逃脱，比丘兽为救外出的素娜对她妈妈表明身份。阿助到阿武所住的地区参加考试。迪路兽被迫一个个认被抓来的小朋友，大人们则被关在一起。素娜和美美一起策划，利用佛经削弱猛鬼兽的力量，带领众大人逃跑。然而仙人掌兽被黑暗巨龙兽打败。美美非常愤怒，纯真之泪使纹卡发光，仙人掌兽进化成花仙兽，( 玩家将与之对战）用花圈净化了黑暗巨龙兽的病毒。然而，吸血魔兽出现，杀死黑暗巨龙兽并打倒花仙兽。比丘兽在阿空妈妈的帮助下赶到救走了花仙兽和素娜。
突破浓雾，祖顿兽！
太一遇到阿和，把嘉儿交付给他，然后去救被吸血魔兽囚禁的人。加内老伯教光子郎使用数码结界，那样一定范围内数码兽会看不见人类。保护了家人以后，光子郎也出去阻止吸血魔兽，找到了结界的中心并遇到阿和的爸爸。另一方面，阿助决定乘海狮兽回御台场，正好遇到阿武，便一同回去。途中受到超海龙兽的攻击，阿丈的守信使纹卡发光，( 玩家将与之对战）海狮兽进化成祖顿兽打败超海龙兽。他们见到巫师兽，巫师兽讲了整个故事并把纹卡交给他们。
另一方面，死神兽跟踪素娜，找到嘉儿和阿和。( 玩家将与之对战）阿和他们不敌。嘉儿为救他们说出自己的身份，被死神兽带走。
完全体总进击，天女兽！
阿和他们决定与吸血魔兽决一死战。光子郎见到阿和的爸爸并与阿武、阿助、素娜、阿和汇合，由阿和的爸爸带领到结界的中心。太一见到美美，两人一同赶去。吸血魔兽正想杀嘉儿和迪路兽时，五人首先赶到，随后美美和太一赶到。它用招攻击小光，巫师兽挡住了这一招，然后死去了。嘉儿的泪使数码器和纹卡都发光了。迪路兽进化成天女兽，( 玩家将与之对战）结合七个完全体和天使兽的力量终于打败了吸血魔兽。然而，大家发现包围御台场的浓雾尚未散……
魔王复活，究极吸血魔兽！
两大究极进化，冲破黑暗！
加来老伯发邮件告诉大家一个预言：“一开始会有蝙蝠从天而降，所有人会高呼传说中数码魔王的名字，在与恶魔数字吻合的时候，传说中魔王会以正体出现。那时会有天使出现，而且会将箭射向他们所守护的人的最爱的人，那时奇迹会出现。”后来，究极体的究极吸血魔兽出现。机械暴龙兽、兽人加鲁鲁兽、天使兽和天女兽都不够它打。最后光子郎分析预言，得出天使兽和天女兽应向阿和与太一射箭的结论。太一和阿和互相鼓励，使纹卡发出强光，最后的预言实现，亚古兽和加布兽居然从成长期究极进化成究极体的战斗暴龙兽和钢铁加鲁鲁兽。
（战斗暴龙兽）
（钢铁加鲁鲁）
（看招！盖亚能量炮！）
( 玩家将与之对战）战斗暴龙兽和钢铁加鲁鲁兽实力极强战斗结束后，浓雾散去，天空却出现了倒转的数码世界！小朋友们明白数码世界又有危机了，于是毅然决定返回数码世界。
入侵现实篇结束
