Celest Isle的中央有一个古代遗迹，里面是一个迷宫。进入迷宫后发现门关上了。按下红色的开关可以打开铁门。进入铁门之后上二楼，在二楼可以可以看见一面红色的镜子，与镜子对话后可以传送到另外一个地方去。传送后先下楼，走到迷宫的外圈，走到右半圈之后上楼，打开左边的门来到岛的中央。这里有一个太阳和月亮标志的门，但都被锁住了。进入红色的门，扳动里面的开关，然后沿着地上的亮点走可以找到太阳石板。把太阳石板放在岛中央靠近红色门那边的凹槽里，中间的镜子会醒来。这时，会有一个黑衣人告诉主角去Domus Isle找Dr. Snap进行挑战。
去Domus Isle，到MSO协会里找Dr. Snap，两人会去Xeroph Isle进行四连战。战斗结束后回Domus Isle，得知会长的办公室失窃，行窃者想要偷走Scout's Mark。在这之后，Domus Isle的下水道也可以进入了。这时，主角接到Infant Isle西面的码头开放的通知。于是主角乘船前往Infant Isle。
在Infant Isle西边的码头可以乘船去Celest Isle(North)。从蓝色的门进入遗迹，按下开关打开铁门。下楼之后在右边可以看到蓝色的镜子，与它对话可以被传送到另一处。传送后上楼，从红色的门出去进入蓝色的门，扳动右边的开关，沿着亮点走可以找到月亮石板。把月亮石板放入岛中央靠近蓝色门的凹槽里，再与中间的镜子对话，即会被传送到一个小岛上。小岛上有BOSS Great Dragon，战胜后神兽进化成了Diamagon。接下来可以从北边的码头前往Fert Isle。
Fert Isle目前没有什么剧情，可以直接去标有感叹号的神殿。那里面有BOSS Demon-at-arms，战胜后神兽进化成了Wulfspade Ace。到此，所有的Darkonium应该都已经收集齐。然后要做的便是回Domus Isle参加MSO大赛的决赛。
敲响MSO总部的大钟，MSO大赛的决赛就正式开始了。进行一番必要的准备之后回到MSO协会总部，和柜台的女人对话就可以开始比赛了。战胜三位对手之后，主角便要与Solitaire进行决战。但是由于Solitaire情绪失控，直接用身体攻击神兽而被判负，主角成为了冠军。会长宣布胜利之后让主角去他的办公室拿传说中的宝物Scout's Mark。在会长室里，神兽打开了箱子，但却出现了一阵黑烟，本来全身雪白的神兽居然变得全身漆黑，变成了邪恶的Ace of Spades。原来这一切都是会长的阴谋。会长带着神兽跑了。
接下来，从Fert Isle东边隐藏的码头可以回到Giltz那里，但那里已经被怪物们破坏得不像样了。在二楼的房间里会遇到BOSS Belial。打败Belial后主角看到父亲奄奄一息地躺在地上。父亲给了主角净魔球之后就晕过去了。主角又一次来到了Infern Isle，这时神殿里的门已经打开。穿过神殿之后再向前走，到洞口处就遇到了Ace of Spades.打败Ace of Spades，主角拿出净魔球使神兽恢复了原来的状态，神兽再次加入。进入洞口就到了魔界洞。
魔界洞的道路并不复杂，里面有Boss Troll、Black Dragon和Atlas三个BOSS，前两个可以绕过，但Atlas必须要打败。打败Atlas之后就可以出洞了，出洞之后，主角看见了会长Dr. Snap，Dr. Snap再次试图控制神兽，但邪气被净魔球吸收了。会长又试了一次，仍然没有成功，但净魔球碎了。接下来是BOSS战，对手是Buffalogre和Mohawker。战胜后，Dr.Snap想要再一次试图控制神兽，但这时从天空中的魔界之门出现了大量的邪恶气息，会长变成了怪物Dr. Snapped。最终BOSS战的对手是Tortured Soul、Dr. Snapped和Demon-at-arms。战斗胜利后，神器Scout's Mark掉在地上，神兽过去捡了起来，得到神器的神兽进化成了最终的形态。为了完成使命，神兽飞向了魔界之门。
10天后主角回到了Domus Isle，有人跟主角说MSO新会长想见他。主角去了会长室，发现新会长是Solitaire。Solitaire让主角去Infant Isle的神殿。到Infant Isle的神殿去调查石碑后，神兽又出现在了主角身后。DQMJ的故事到此就结束了，可以保存通关存档。通关后，可以继续挑战Infant Isle老爷爷的新问题，Xeroph Isle斗技场的X级，还可以与Solitaire对决。打败Solitaire的怪物之后，Solitaire送给主角一把钥匙，使用这把钥匙可以打开Domus Isle下水道里的铁门，里面便是游戏中最厉害的对手、隐藏BOSS Estark。
